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載脂蛋白E是一種富含精氨酸的堿性蛋白，人ApoE是由299個(gè)氨基酸殘基組成，分子量為34145D，含32個(gè)Arg和12個(gè)Lys存在于血漿的CM、VLDL及其殘粒和β-VLDL中均含有ApoE，一部分ApoE在血液中與ApoAⅡ形成復(fù)合體。

Shore于1973年首先發(fā)現(xiàn)ApoE，Rall等于1982年測(cè)出ApoE的蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)，其后Taylor建立ApoE的cDNA序列，Breslow 和Zannis首先測(cè)出ApoE有3個(gè)等位基因異構(gòu)體以及基因在染色體上的定位。據(jù)推算和測(cè)定，在介質(zhì)中ApoE有62%的α-螺旋，9%的β-片層，11%的β-轉(zhuǎn)角和18%無(wú)規(guī)則線團(tuán)。ApoE分子可以被凝血酶水解為二個(gè)區(qū)域，N-端區(qū)(1～191)為22kD的可溶性球蛋白，此區(qū)域較穩(wěn)定，該片段的136～158位肽段為受體結(jié)合位點(diǎn)，富含堿性氨基酸(賴氨酸和精氨酸)，也屬于肝素結(jié)合區(qū)。此片段為一個(gè)反平行的四螺旋束，是α-螺旋蛋白的一般折疊方式。C端區(qū)(216～299)分子量為10kD，螺旋程度很高，不穩(wěn)定，是與脂蛋白的結(jié)合區(qū)。用截去了末端的變異體及合成多肽片段進(jìn)行ApoE羧基末端的檢測(cè)表明，191殘基以外羧基端存在三個(gè)螺旋，其中兩個(gè)為A型(203～223和225～266)，第三個(gè)(268～289)為一種G型螺旋。與脂類或不同的脂質(zhì)微粒或二甲基磷脂酰膽堿結(jié)合的結(jié)果說(shuō)明，G螺旋和第二螺旋的末端在脂質(zhì)連結(jié)，在ApoE的四聚體化過(guò)程中起重要的作用。更精確地說(shuō)是263～286片段可能在脂連結(jié)ApoE與VLDL的結(jié)合中起有關(guān)鍵作用。ApoE主要由肝臟合成，近年來(lái)發(fā)現(xiàn)腦，腎，骨骼，腎上腺及巨噬細(xì)胞也能合成。